Madara keserves története hosszú évekkel ezelőttre nyúlik vissza, mikor még a öccsével versengtek egymással, hogy nagyobb és nagyobb erőre tegyenek szert. Eközben felébresztették a Sharinganjukat, és ezáltal ki is tüntek tehetségükkel a klánban. Addig fejlesztették képeségeiket, amíg el nem érték a Mangekyou Sharingant. Ezáltal átvették az irányítást a klán felett. És az idősebb testvér Madara lett a vezér. De Madara felfedezte, hogy minnél gyakrabban használja a ezeket a szemeket, annál hamarabb telepszik rá a mindent beporító sötétség. Ez egy elkerülhetetlen dolog. A használó a hatalomért cserébe, elszigetelődik saját szemétől és örökre
megfosztatik a fénytől, vagyis megvakul. Madara mindent megtett, hogy megszabaduljon a sötétségtől, de minden erőfeszítése hiábavalónak bizonyult. Hogy visszaszerezze látását az öccse feláldozta életét, és Madarának adta szemeit. Madara világába újra visszatért a fény, és soha többé nem köszöntött be a sötétség, ez az örökké tartó Mangekyou Sharingan. Az átültetésből egy teljesen új Doujutsu született.Ezzel a megálíthatatlan erővel Madara könnyedén átvette a hatalmat minden klán felett mely kapcsolatba került az Uchihákkal. Úgy emlegették: a világ legerősebb shinobija. Az erdő senju klánjával kötött szövetség élére hívott egy új szervezetet, amit Konohagakure No Satonak nevztek el. De Madara és Sanju vezér összekülönböztek a falu politikáját illetően. Bár mindíg felnézet riválisára, az összetűzések kettőjük között csak harcot szított a két klán között. A két klánt rivalizáló országok bérelték fel, ezáltal is egymásra uszítva őket. De egy nap a Senju fegyverszünetet ajánlott fel. Mivel már elérte a két klán a határaikat, ezért az Uchihák békét akartak.
Csak Madara ellenzte a fegyverszünetet, mert szerinte a Senju el akarta pusztítani mindannyiukat. De senki nem állt mellé, ezért kénytelen volt békét kötni. Stabilizálódtak a a hatátok és létrejött a ma ismert rendszermely szerint egy országban csak egy rejtett falu van. A környező nemzetek elkezték lemásolni
a rendszerüket és lassan de bizosan véget vetett a háborúknak. De egy zűrzavar ismét háborúskodásba taszította konohát. A falu vezeteőjének kiválasztása. Ez a poszt Senju Hashiramára esett. Madara úgy vélte, hogy idővel minden joguktól és hatalmuktól meg fogja fosztani a klánt. Hogy megvédje őket
szembeszált Hashiramával. Mivel a többiek úgy vélték, hogy újra fel akarja szítani a háború tűzét, hátat fordítottak neki. Megvádolták hogy saját önző ambicióival törődik, a hatalom iránti sóvárgás motiválja és csak azért vette el az öcse szemeit, hogy a saját életét megmentse. Lenézték és elárulták.
És ezért elhagyta a falut. Végül kihívta az első hokagét, de elbukott. Emlékét ma is a Végzet Völgye örzi. Akkor mindenki meg volt győződve arról, hogy meghalt és idővel mindenki elfelejtette. A második hokage hogy távol tartsa az Uchihákat a kormányzati ügyektől, fontos feladattal látta el a klánt.
Rájuk bízta Konoha katonai rendőrségét. Néhány Uchiha rájött erre és a lázadásokat fontolgatták. De ekkor már túl késő volt. A Senju már mindent a saját az irányítása alá vont.
Bár a posztértvívott harcot elvesztette (súlyos sebeket szerzett),
de életben maradt. Ereje jelentősen megcsappant, és mára márcsak szánalmas utánzata régi önmagának.
Egy új szervezetet hozott létre az Akatsukit, és megbújt annak
árnyékában. Célja az, hogy a kilenc Bijuukit összegyüjtse. Az a világ élére álljon. Madara állt annak is a hátterében, hogy a Kyuubi a 16 évvel ezelőtt a falura támadt. Mivel képes volt a szemével irányítani a szörnyeteget. De ezúttal Yondaime hokage hiúsította meg a tervét.
És itt van az ahol Itachi története elkezdődik....