Pein = a világ ura

Nagato elvesztette családját az egyik nagy nindzsa háborúban. Éhesen és fáradtan járkált házról-házra, mellészegődött egy kutya is akit Chibinek nevezett el. Már összeesett az ehségtől amikor Kohnan rátalált és enni adott neki. Majd egy barlangba vitte őket, ahol találkozott Yahikoval. Egy nap amikor a falu felé mentek egy robbanó kunait dobtak feléjük. Lent Jiraija, Tsunade és Orochimaru harcolt Hanzou ellen. Egy újabb társuk halt meg a kutya személyében. Ekkor Yahikonak elege lett és eltökélte, hogy békét hozzon a világra és isten legyen. Akkor Nagato álma is ez lett. Yahikonak erő kellett és ezt az erőt Jiraijától akarta megtanulni. Persze Nagatonak nem tetszett az ötlet, mert nem akart konohai nindzsákkal szövetkezni. Egy nap egy szökött nindzsa megtámadta Nagatot és Yahikot. De Nagato a képességével megölte őt. Ekkor rájött hogy a képességei birtokában van egy különleges erő a Rin' negan. Jiraija aki eddig vonakodott attól, hogy shinobit csináljon belőlük most ninjutsut tanított nekik. Azt mondta,hogy önvédelemből, de az igazi célja az volt, hogy Nagato megtanulja kezelni a Rin'negan. Mivel Jiraija Nagato mellett állt és segített neki, Nagato elfogatta őt. Három év múlva véget ért az edzés és elhagyta őket. De elötte elmondta Nagatonak, hogy a szemei olyanok mint a legendás Rikudou, aki egész életében a békét kereste. Yahiko vezetésével csapatot szerveztek. Feladatuk az volt, hogy békét hozzanak a világra. Hanzou felajánlotta nekik, hogy segítsenek rábírni a három nagy nemzetet (homok, kő és levél) a béketárgyalásokra. A szövetség létrejött köztük. De az egész csak egy csapda volt. Hanzou attól félt, hogy megfosszák őt a vezetői tisztségtől. Amikor Nagato és Yahiko elmentek a megbeszélt helyre, már ott vártak rájuk Hanzou csatlósai és a konohai anbu csapat Danzouval az élen, aki egyességet kötött Hanzouval, hogy lemészárolja őket, ezzel is közelebb hozzva őt a hokage címhez. Hanzou pedig Danzou segítségével megőríze pozícióját. Hanzou túszúl ejtette Konant és követelte Nagatot, hogy ölje meg a vezetőjüket Yahikot. Ha megteszi őt és Konant elengedi.  Ennek céljából odahajított neki egy kunait. Nagato bár felvette, esze ágában nem volt megtenni, de Yahiko elrántotta Nagato kezét és ezáltal leszurta magát. Akkor Yahiko megígértette Nagatoval, hogy megvédi Konant és valóra váltja azt az álmát, hogy békét hoz a világra. Majd Yahiko holtan esett össze. Hanzounak nem tartotta be a szavát és meg akarta ölettetni Nagatoékat. A düh és gyűlölet amit társa elvesztése miatt érzett felélesztette a Rin' negant. Minden rá irányuló támadást elhárított. Megidézte az Eretnek mágikus szobrot ami mindenkinek elvette az életét aki hozzáért. A csata véget ért és végül életben maradtak. Yahiko halála után Nagato lett a szervezet vezetője. Yahikot a halála után a csakrájával tartotta "életben" és ők együtt harcoltak a béke nevében úgy min Pein.